Latest News Archive

Please select Category, Year, and then Month to display items
Previous Archive
28 March 2023 | Story André Damons and Engela Duvenage | Photo Charl Devenish
Prof Martin Nyaga, an Associate Professor and Head of the Next Generation Sequencing (UFS-NGS) Unit at the University of the Free State (UFS), is taking a leading role in the future of genomic surveillance as a public health tool in Africa.

As chair of the Africa Centre for Communicable and Preventable Diseases (Africa CDC) working groups on Vaccine Preventable Diseases (VPD), Prof Martin Nyaga, an Associate Professor and Head of the Next Generation Sequencing (UFS-NGS) Unit at the University of the Free State (UFS), is taking a leading role in the future of genomic surveillance as a public health tool in Africa.

The VPD Working Group of the Africa Pathogen Genomics Initiative (Africa PGI) – a unit of the Africa CDC – is one of four such expert focus groups (malaria, foodborne diseases, and antimicrobial resistant organisms, being the focus of the others) whose insights are informing the work of the Africa PGI of the Africa CDC. Its mandate is to develop a roadmap that will enhance the use of genomic surveillance tools in the fight against VPD such as measles, polio, rotavirus, cholera, typhoid fever, malaria and Ebola.

Prof Nyaga, who is also a medical virologist, has chaired the working group since 2022. 

Combat vaccine preventable diseases

“Thirty million cases of children suffering from VPD are reported in Africa every year. Around 500 000 children still die each year because of such illnesses. The VPD working focus group is helping to combat these diseases by among other initiatives, identifying the important and priority vaccine preventable diseases use cases and identifying the key stakeholders in Africa.

“It also providing technical advice on wet- and dry-lab genomics infrastructure to track, genotype and analyse data in real time to avert the rapid transmission and spread of these diseases from human to human," says Prof Nyaga, who is also the Director of the World Health Organisation (WHO) Collaborative Centre for VPD Surveillance and Pathogen Genomics in South Africa. 

According to him, in the recent past and in the post-COVID-19 pandemic peak era, there has been a rapid increase in the previously almost eradicated VPDs such as polio and measles that have recorded upsurges of more than 400-500% in some regions. At present, multiple African countries including Malawi, Mozambique, Zambia, Kenya and even South Africa are fighting the worst ever cholera outbreak, yet cholera is a disease that can be prevented by using vaccines. “While it is not definite to say that the roadmap will end these diseases, it will certainly utilise genomics science to expedite the tracking, diagnosis and improving existing vaccine candidates to drastically lower the burden of disease as it happened with SARS-CoV-2 tracking using genomics, where the impact was swift and effective,” he says. 

Roadmap to enhance implementation of genomics surveillance

The VPD roadmap document is expected to be finalised by the end of May 2023, to further guide the work of the Africa PGI and the Africa CDC. It will also provide a framework for individual countries, regions, funders, partners, and key stakeholders on how they can include the genomics of multi-pathogen and priority diseases and other use cases into existing policy and routine disease surveillance systems. 

Prof Nyaga says the roadmap is the expert document that the VPD focus group is working on to enhance informed implementation of genomics surveillance in Africa, coordinated by the Africa PGI of the Africa CDC.

Genomic surveillance an important public health tool

He believes genome surveillance can play an important role to track disease behaviours in Africa. This includes the introduction of new virulent or resistant variants and/or strain genotypes and understanding whether existing therapeutic solutions such as vaccines and antimicrobial drugs will work to fight them. 

“The use of genomic surveillance as an important public health tool came to the fore during the COVID-19 pandemic, when it was used to screen for new variants and outbreaks, and to control and manage its spread. Researchers from Africa rose to prominence by being the first to note the Beta and Omicron variants of the SARS-CoV-2 virus that causes COVID-19.”

Prof Nyaga and other researchers from the UFS have also contributed valuable research and advice pertaining to government policy about COVID-19 variants in South Africa. The UFS-NGS unit is part of the NGS-SA network and has recently collaboratively published in Science, Nature and Nature Medicine about insights drawn from genomic surveillance as the SARS-CoV-2 evolved, leading to discovery of new variants and escalation of rollout of vaccines in Africa from an informed perspective. 

More countries can now do Next Generation Sequencing

Before the COVID-19 pandemic, fewer than 10 of the 55 African Union (AU) member states could do NGS work on own soil – South Africa being one of them. Today, around 40 African countries can on a molecular level monitor the pandemic, detect, and track emerging SARS-CoV-2 variants. This is among others thanks to the efforts of the Africa PGI unit, working closely with the World Health Organisation Africa Regional Office for Africa (WHO/AFRO) and other partners, to provide appropriate hardware, software, and training to countries in different regions amid the pandemic. The Africa PGI was launched in 2019, and with the outbreak of COVID-19 was ideally placed to strengthen the roll-out of genomic surveillance tools across the continent.

“It is a great honour, not just to be a member of this VPD working group, but also for being given the privilege to lead it and engage other UFS scholars and eminent African researchers to be part of it. This opportunity has placed the UFS in the continental map of providing health solutions for Africa through the mandate of the AU and Africa CDC,” says Prof Nyaga.

Among the researchers from across Africa serving on the VPD Working Group are also Dr James Ndirangu, a public health researcher and Programme Director, Division of Public Health, UFS; Dr Peter Mwangi, a postdoctoral fellow of the UFS-NGS Unit, as well as a former UFS alumnus; Dr Saheed Sabiu of the Durban University of Technology’s Department of Biotechnology and Food Science. Others are Prof Charles Muyanja (Department of Food Technology and Nutrition, Makerere University, Uganda); Dr San Emmanuel James (KRISP/CERI, South Africa); Dr Tresor Kabeya (Institut national de recherché biomedicale (INRB), Democratic Republic of Congo); Dr Sanni Osman, (Federal Medical Centre Birnin Kebbi, Nigeria); Dr Daniel Mugendi (Embu Level V Hospital, Kenya) and; Dr Aquillah Kanzi, (Africa Society for Laboratory Medicine (ASML), South Africa. From the Africa CDC PGI, the Senior Technical officer for this programme is Dr Francis Chikuse and the Programme Lead is Dr Sofonias Tessema.  

News Archive

Volksblad: Moshoeshoe Memorial Lecture
2006-05-27

27 Mei 2006

Moshoeshoe het mense saamgebind
KONING MOSHOESHOE kon bewys dat verskeidenheid ’n bindende eienskap kan wees. Dit blyk ’n sleutelbeginsel van sy leierskap te wees – en dit is nie ’n maklike een om te begryp nie.

Jy bereik die grootste eenheid tussen onderskeidende entiteite waar jy relatief vrye ruimte aan hulle gee om hul eiesoortige kenmerke na vore te bring.

Dít blyk uit prof. Njabulo Ndebele se gedenklesing oor koning Moshoeshoe.
Lesotho; het; onder Moshoeshoe se leierskap mense van verskeie dele van die subkontinent gelok.
Dié mense het hierheen gevlug van die verwoesting wat as lifaqane bekend geword het toe Shaka sy koninkryk met militêre onderwerping verstewig het.

Ndebele het gesê daar is algemene ooreenkoms dat die oorloë wat hieruit gespruit het, die maatskaplike grondslae van talle samelewings in Suider-Afrika geskud het.

“Dit was in dié konteks dat Moshoeshoe leierskap getoon het.”
Prof. Frederick Fourie, rektor en visekanselier van die Universiteit van die Vrystaat (UV), het gesê die lesing vorm deel van ’n groter debat oor leierskapmodelle, veral die konsep van Afrika-leierskap, en die voortgesette diskoers oor nasiebou en versoening.

Die Moshoeshoe-projek is in 2004 aan die UV begin om met Suid-Afrika se eerste dekade van demokrasie saam te val.
Die projek was deel van die UV se eeufeesvieringe in 2004.
Met dié projek word geprobeer om ’n groot Afrika-leier te vereer en die UV se verbintenis tot transformasie te toon sodat ’n ware inklusiewe en nie-rassige universiteit geskep kan word.

“As die stigter van die Basoeto-nasie, word daar wyd erkenning aan koning Moshoeshoe vir sy buitengewone leierskapstyl gegee.

“Diplomasie, versoening en vreedsame naasbestaan is van die kenmerke van sy leierskap, soos getoon in sy pogings om verskillende groepe in een nasie te verenig,” sê Fourie.

KONING MOSHOESHOE, een van Afrika se eertydse groot leiers. Hy is meer as 130 jaar gelede dood. Foto: verskaf

Waarde van openbare spraak ‘nou bedreig’
AANDUIDINGS bestaan dat die waarde van openbare spraak wat hoog deur koning Moshoeshoe van Lesotho op prys gestel is, nou onder ernstige bedreiging kan wees.

Om dié rede dra hy die koning Moshoeshoe-gedenklesing op aan al dié mense in Suid-Afrika en elders wat die moed het om hul oorwoë mening uit te druk oor belangrike sake wat die samelewing in die gesig staar, het prof. Njabulo Ndebele, visekanselier van die Universiteit van Kaapstad, gesê.

Ndebele, wêreldbekende skrywer, het gesê dié lesing kom op ’n kritieke punt in Suid-Afrika se nuwe demokrasie.
Dié lesing, om die buitengewone nalatenskap van een van Afrika se groot leiers te eer, is eergisteraand op die kampus van die Universiteit van die Vrystaat (UV) gelewer en het ’n staande toejuiging deur ’n groot gehoor uitgelok.

Ndebele het gesê die mense wat hul menings uitdruk oor belangrike sake, kan rubriekskrywers, redakteurs, kommentators, alle soorte kunstenaars, akademici, koerantbriefskrywers, nie-gewelddadige optoggangers met plakkate en strokiesprentkunstenaars wees “wat ’n spieël voor ons oë sit”.

“Selfs wanneer hulle dit waag op heilige gebied, soos sommige strokiesprentkunstenaars onlangs gedoen het, herinner hulle ons net dat selfs die heilige misbruik kan word vir doeleindes wat min met heiligheid te doen het.

“Dit is hul manier om ons te help, dalk meer diepsinnig as wat ons besef, om daardie einste ruimte van heiligheid in ons lewe te bewaar.

“Hulle verdiep ons insigte deur ons begrip te verdiep.
“Dit is gepas om hul dapperheid te vier,” het Ndebele gesê.
“Hulle herinner ons dat leierskap nie al is wat ons doen wanneer ons in ’n sekere magsposisie geplaas is om ’n organisasie of ’n sekere instelling te stuur nie.”

Hy het gesê onder die mense wat gevier moet word, sluit hy nie dié in wat deur haatspraak ander aanhits om geweld te pleeg; teen; mense; wat hul andersdenkende menings lug nie.

“Dit is nie met dapperheid dat hulle aanhits nie, maar weens hul toevlug tot die narkotiese beskerming van die skare.”

Mense voel glo ál kwesbaarder
Vise-kanselier lewer Moshoeshoe-gedenklesing
’n TOENEMENDE aantal hoogs intelligente, sensitiewe en toegewyde Suid-Afrikaners oor die klas-, ras- en kulturele spektrum heen bely dat hulle – soos nog nooit tevore nie – onseker en kwesbaar voel sedert 1994.

Só het prof. Njabulo Ndebele, vise-kanselier van die Universiteit van Kaapstad, gesê in die Universiteit van die Vrystaat (UV) se eerste koning Moshoeshoe-gedenklesing.

Die onderwerp was Reflections on the leadership challenges in South Africa.
Wanneer ontembare optimiste beken hulle voel dinge is van stryk, versprei die naarheid van angs. “Dit moet iets te doen hê met ’n ophoping van gebeure wat die gevoel van dreigende inploffing oordra.”

’n Gevoel heers dat Suid-Afrika ’n baie komplekse samelewing het wat liewer eenvoudige, gesentraliseerde beheer voortbring in die hoop dat dienslewering dan beter en vinniger gedryf kan word. Die kompleksiteit van beheer word dan in ’n enkele struktuur van gesag gevestig, eerder as in die afgewentelde strukture soos wat in die Grondwet beoog word.

Dat die afgewentelde strukture nie hul grondwetlik-gedefinieerde rolle verwerklik nie, moenie toegeskryf word aan die mislukking van die beheermeganisme nie.

“Dit is te vroeg om te sê dat wat ons sedert 1994 bereik het, nie gewerk het nie,” het Ndebele gesê.
Dit lyk of ’n kombinasie van omstandighede tot die “gevoel van ontknoping” lei.
“Ek wil dit vermy om te sê: ‘Kyk na Khutsong’, asof u sal verstaan wat ek bedoel wanneer ek sê u moet na Khutsong kyk.”
Sulke kennis lei tot wanhoop, want dit roep ’n werklikheid op wat só oorweldigend is dat dit fatalisties kan wees.
Ndebele het gesê niks kon meer vreesaanjaend wees as toe ’n komplot van die Boeremag oopgevlek en sekere Boeremaglede aangekeer is nie.

Sekere Boeremaglede het van ’n maksimum-sekuriteit-tronk ontsnap. “Sover ek weet, is hulle nie weer gevang nie.
“Wat is gedoen om die gaping te oorbrug?” was een van sy vrae hieroor.
“Van só ’n belangrike saak weet die publiek nie baie nie. Die karige kommunikasie kan die gevaarlike boodskap uitdra dat óf niks gedoen word nie, óf die staat in dié saak misluk.”

Hy het gevra: “Hoekom het die kwessie van munisipale afbakening tot die situasie in Khutsong gelei? Dit lyk of die probleem voortgaan, sonder ’n oplossing in sig.”

’n Aantal soortgelyke, oënskynlik plaaslike rebellies het oor die land heen plaasgevind. “Is hier ’n patroon?”
Ndebele het na die onlangse verhoor van oud-adj.pres. Jacob Zuma, wat van verkragting aangekla was, verwys.
Dié drama blyk ver van oor te wees. Dit beloof “om ons almal sonder verligting te hou, in ’n toestand van angs”.
Die gemene draad van dié gebeure is die gevoel van ’n oneindige spiraal van probleme wat vertroue tap. Daar kan ’n sterk suggestie in al dié gebeure wees “dat ons dalk nooit sosiale samehang in Suid-Afrika gehad het nie...”

“Wat ons sekerlik oor dekades gehad het, is ’n mobiliserende visie. Kan dit wees dat die mobiliserende visie onder die gewig van die werklikheid en omvang van maatskaplike heropbouing kraak en dat die legitieme raamwerk om oor dié probleme te debatteer ineenstort?”

‘Swart mense staar hulself in die gesig’
DIE swart meerderheid staar homself nou in die gesig: dalk werklik vir die eerste keer sedert 1994.
Só het prof. Njabulo Ndebele gesê toe hy die koning Moshoeshoe-gedenklesing by die Universiteit van die Vrystaat in Bloemfontein gelewer het.

Hy het gesê dit lyk of Suid-Afrika ’n meganisme nodig het om selfvertroue te bou.
Deur dié meganisme “kan ons die situasie waarin ons is, erken, wat dit ook al is”.
“Ons het ’n meganisme nodig wat die verskillende posisies van die mededingers sal bevestig en hul eerlikheid sal bekragtig op ’n manier wat die publiek vertroue sal gee dat werklike oplossings moontlik is.”

Dit is dié soort “openheid wat nooit maklik kom nie”, wat lei tot deurbraak-oplossings.
Ndebele het gesê ’n komplekse demokrasie soos Suid-Afrika s’n kan nie oorleef met ’n enkele gesag nie.
Net veelvuldige owerhede binne ’n grondwetlike raamwerk “het ’n ware kans”.
“Kan ’n deel van die probleem wees dat ons nie in staat is om die idee van ‘opposisie’ te hanteer nie?
“Ons is verskrik dat enige van ons ‘die opposisie’ kan word.
“Dit is tyd dat ons die koms voorsien van ’n oomblik wanneer daar nie meer ’n enkele, oorweldigende, dominante politieke mag is soos wat nou die geval is nie.”

Ndebele het gesê: “Ek glo ons het dalk ’n oomblik bereik wat nie fundamenteel verskillend is nie van die ontnugterende, tóg hartversterkende nasiebourealiteite wat gelei het tot Kemptonpark in die vroeë jare negentig.”

“Die verskil tussen toe en nou is dat die swart meerderheid nie nou na wit landgenote oor die onderhandelingstafel kyk nie.

“Die swart meerderheid staar homself in die gesig: dalk werklik vir die eerste keer sedert 1994.”
Dit is weer “tyd vir visie”, het Ndebele gesê.

We use cookies to make interactions with our websites and services easy and meaningful. To better understand how they are used, read more about the UFS cookie policy. By continuing to use this site you are giving us your consent to do this.

Accept